1998年6月，京山县法院以故意杀人罪判处佘有期徒刑15年，同年9月，荆门市中级法院裁定驳回上诉，维持原判。

监狱中的佘祥林清醒地知道自己没有杀人，并一直相信妻子还在人世。每次亲属探监时，他都要家里上访。多年来，佘祥林和家人不断申诉，但每次都石沉大海。

申诉之路充满艰辛和血泪。1994年12月，四处寻找张在玉下落的佘祥林的母亲，在天门市姚岭村打听到张在玉的行踪，当地村民和村委会还开具了证明，但政法机关未予采信。据出具证明的原村党支部副书记倪乐平介绍，为这件事作证的数位村民都被“请”到了公安部门，有的被关3个多月。听说公安局还要抓他，他自己也在外面躲了好几个月。

佘祥林的哥哥佘锁林悲愤地说：“因为不断上访申诉，我母亲被公安机关抓去关押了好几个月，我也被关40多天，放我出来时还威胁我说不许上告。我的母亲在被放回后不久就去世了。”申诉材料：透露关键证据的取得过程4月1日，在沙洋监狱管理总局医院，身体虚弱的佘祥林对记者说：“当时，他们把所能用的手段都用上了。”

11年来，佘祥林在狱中写了厚厚的申诉材料，并记下了好几本日记。尽管这些材料内容的真实性和准确性尚待证实，但从一个侧面为人们查寻“冤案”根源提供了线索。

荆门市中院1998年的刑事裁决书称，经审理查明，被告人佘祥林犯故意杀人罪的事实和情节有法医鉴定、尸检照片、现场勘查笔录，有证人证言证实，被告人的作案“行走路线图”及将公安带到作案现场的记录印证。

对此，佘祥林的申诉材料写道：“侦查员叫我将关桥水库机台的构造画出来，可我从来就没去过那里，且根本就没有杀人，怎么能画得出来？就这样，1994年4月15日下午，那位指导员见我实在说不出死者的方位，就将我拉到写字台旁，给我画了一张‘行走路线图’，并叫我依照他画的那张图画了一张。”“这次我说是用石头杀人，这是因为在前一次我说是用木棒杀的人，但侦查员硬逼我交出木棒，可我根本就没有杀人，哪里交得出木棒，这次想到石头到处都有，如你再叫我交出石头我可以随地捡一块石头给他们，这样就可以少吃亏。”

对于当时“指认现场”的情景，佘祥林写道：“他们问我在什么地方杀的人，我随便指了一个地方，他们就给我照了相。而后要我交出杀人的石头，我准备随便找一块石头给他们，谁知那地方根本就没有石头，他们又见我实在找不到石头，就直接将我架到堰塘的另一头站定，问我尸体沉在哪里，我见某某（注：此处隐去姓名）面对着堰塘，且我们站的地方有很多纸，就猜着说在这里，他们就给我照了相。”“当时我已被残忍体罚毒打了10天10夜，精神麻木，早已处于昏睡状态，且全身伤痕累累，根本无法行走站立，我只有一个愿望就是希望能尽快休息一会，只要能让我休息一下，无论他们提出什么要求，我都会毫不犹豫地顺应。”“有罪推理”：导致冤案终于铸成目前，有关部门已成立专门的班子，处理此案的善后事宜，对案件中违法行为的调查也已经展开。

荆门市中级法院院长陈华说，佘祥林案件教训太深刻了。过去，法院在审理涉及人命关天的重大刑事案件时，往往担心“疑罪从无”会放纵犯罪，习惯“有罪推理”的原则，从而容易造成冤假错案。法官在确认证据的真实性时，过于相信侦查部门的侦查结论，对可能存在刑讯逼供、诱供的证据，缺乏进一步调查、分析和核实，就容易导致证据采用失实。佘祥林案中，基层法院未能逐一审查清楚省高院提出的证据疑点，而以“基本事实清楚、基本证据充分”为由，草率下判。

一位知情法官说，长期以来，法院对公安、检察机关的证据采信多，对被害人提供的刑讯逼供的情节，由于没有证据证实，很难采信，加上公安机关办案人员素质参差不齐，破案能力差，没有口供就没办法破案。“重口供轻证据”，容易出现刑讯逼供，酿成冤假错案。